Bezüglich von Form und Funktion unterscheiden sich Thargoidenschiffe grundsätzlich von allen menschlichen Technologien. Wie genau es ihnen gelingt, durch den Hyperraum zu navigieren, gibt uns bis heute Rätsel auf. Ihre Schiffe sind zum Teil organisch, was bedeutet, dass sie über gewisse Selbstreparatur- bzw. Selbstheilungsmechanismen verfügen.

Die Funktionalität des Schiffes im Allgemeinen und seine Fähigkeit zur Selbstheilung im Besonderen hängen eng mit seinem sogenannten Thargoidenherzen zusammen - einem biomechanischen Organ, das man in unterschiedlicher Zahl in verschiedenen Thargoidenschiftfn fand. Diese Herzen überleben die Zerstörung eines Schiffes häufig und erleichtern so eine Bergung. Mit den richtigen Waffen können aber auch Sie angegriffen und beschädigt werden. Allerdings sind sie äußerst säurehaltig und müssen für einen sicheren Transport in speziellen Behältnissen gelagert werden.

Im Gefecht beschädigte Thargoidenschiffe weisen häufig narbenähnliche Muster auf. Da man davon ausgeht, dass die Technologie der Thargoiden weit genug entwickelt ist, solche Schäden zu beheben, legt dies nahe, dass die Thargoiden diese Narben absichtlich bewahren.

Die INRA-Logs berichten auch von einer Begegnung mit einem Thargoiden-Mutterschiff, das um ein Vielfaches größer war als ein gewöhnliches Schiff. Auch hier führte der Einsatz des Mycoid-Virus zum Erfolg. Sichtungen solcher Schiffe sind für die jüngste Zeit aber nicht dokumentiert.