Zehntausende Jahre zuvor, als die Guardians noch keine raumfahrende Spezies waren, tauchten Thargoiden auf der Suche nach neuen Systemen für eine Kolonisierung in dem Raum auf, der später von den Guardians besiedelt werden sollte. Sie kennzeichneten einige Systeme, die Ammoniak-Welten enthielten, und bereiteten darüber hinaus eine Reihe von Planeten für die Besiedelung vor, indem sie dort Raumpocken säten. Diese genetisch veränderten Konstrukte sollten Ressourcen aus den Planeten extrahieren und sie anschließend in für die Thargoiden wertvollere Ressourcen umwandeln. Für die Thargoiden war die Aussaat von Raumpocken ein wichtiger Schritt zur Vorbereitung eines Gebietes für die Besiedelung.

Die Thargoiden kehrten erst nach Tausenden von Jahren in diese Systeme zurück. Als sie schließlich wiederkamen, mussten sie feststellen, dass sich schon eine andere Art dort niedergelassen hatte - die Guardians. Aufgrund ihres ausgeprägten Sinns für territorialen Besitz gingen Sie sofort zum Angriff über.

Die Guardians reagierten mit einem teilweisen Rückzug. Sie versuchten aber auch, einen Weg zu finden, mit den Thargoiden zu kommunizieren. Sie hofften. so den Grund für ihre Aggression herauszufinden und vielleicht zu einer friedlichen Lösung zu kommen. Nach großen Mühen gelang es ihnen schließlich, die Sprache der Thargoiden so weit zu entschlüsseln, dass sie die Ziele der Invasoren verstanden. Sie konnten die Thargoiden aber nicht davon überzeugen. dass sie nichts Böses im Schilde führten. Die Thargoiden wiederum konnten nicht von ihrer Überzeugung lassen, dass jede fremde Spezies, die eine potenzielle Bedrohung darstellt, vernichtet werden muss.

Den Guardians blieb nichts anderes übrig. als sich mit Gewalt zu verteidigen. Zuerst entsandte man Soldaten, kam aber schnell zu der Einsicht, dass man gegen einen derart erschreckenden Feind besser mit Drohnen und anderen mechanischen Waffen vorgeht. Innerhalb relativ kurzer Zeit entwickelten die Guardians ausgeklügelte Kriegsmaschinen, die Jene der Thargoiden identifizieren und vollkommen autonom handeln konnten. In ähnlicher Weise waren die biomechanischen Technologien der Thargoiden dazu in der Lage, alles zu erkennen, was von den Guardians stammte. Bis zum heutigen Tag, Millionen Jahre nach dem Verschwinden der Guardians. können Guardian-Artetakte Technologien der Thargoiden wahrnehmen, während Thargoiden-Technologien negativ auf die Präsenz von Guardian-Artefakten reagieren.

Die Kriegsmaschinen der Guardians kannten keine Angst, keine Erschöpfung und kein Zögern. Die Thargoiden hatten derweil nicht damit gerechnet, einen veritablen Krieg führen zu müssen, und waren schließlich zum Rückzug gezwungen. Für die Guardians war dies eigentlich ein Grund zum Feiern. Viele hegten Jedoch Zweifel bezüglich des rasanten technologischen Fortschritts - Zweifel daran, ob die Entwicklung ausgeklügelter Militär-Hardware zu einer Entspannung der Lage beitragen würde.